主角一如既往的前四部当中的男主人公小智和皮卡丘，小智和皮卡丘将离开合众地方，来到卡洛斯地方继续去挑战卡洛斯联盟，而天桐和艾莉丝则不再一起继续旅行，期间他会遇到新的朋友和新的神奇宝贝，在本作中新的初始三只神奇宝贝泡沫蛙、炎耳狐、针栗鼠和伊布新的进化型仙子精灵将会悉数登场。