在上一季的季末，一场瘟疫的爆发让玛丽和弗朗西斯之间出现了严重的问题：弗朗西斯执意要去接Lola回来，而玛丽则认为他应该更加重视身为王者的责任。最后，一道落下的城门让很多美剧迷担心，弗朗西斯还能活着回来吗?在《风中的女王》第二季中，弗朗西斯虽然活着回来了，但这场瘟疫还在继续，成千上万的人因此死去，整个法国都受到了极大的影响。正是在这种风雨飘摇的状态下，弗朗西斯开始了新的统治，而宗教和政治问题将严重影响他与玛丽的婚姻，也会影响到两个国家的人民。