故事开始的5年前、神隠岛的全体居民因为异常的不可抗拒因素突然全部死亡，唯一的幸存者是年幼的本作故事的主人公若竹玛丽（若竹マリ），她也因为巨大的刺激而丧失了记忆。从小受独立教育，并被祖母抚养大的玛丽，因为祖母的身体状况不佳而被托付给了私立海凤学园培养。在学校，玛丽结识了表面上是优秀学生，其实真实身份为外星人先遣队的战舰舰长千光寺萩乃及几名性格各不相同的舍友，在不断交往中逐渐产生了密不可分的感情。