童话“小马过河”中的小马要再次到河对岸去办事。可是，这天风雨交加，河水波涛汹涌，正在河边等候女儿归来的驴叔叔劝小马不要过河。小马不以为然，颇有点炫耀地跳到河里，被水流冲走，卷入了一个漩涡之中，掉进了时间隧道。随后小马来到了神兽众多、物种奇异、法术神奇的新石器时代的马家浜。本片讲述了小马为了寻找回家的路，经历的种种奇遇。