故事讲述了不明国籍的少女柠檬突然出现在小新面前，给他带来了偶像动感超人的讯息:"新之助君，从今天起你就是实战间谍了。和我一起为正义而战吧！" 喜出望外的小新开始在柠檬的指导下进行特训，两人组成了间谍搭档，飞速成长。 动感超人终于下达了新的指令:"向你们任务。邪恶博士藏匿了我的正义胶囊，将它夺回。" 行动开始。小新和柠檬来到了邪恶博士所在的海德尔纳王国。小新潜入研究所，单挑安全系统，见到了博士。谁知博士竟说出了惊人的秘密……