某晚，桂小太郎在桥上遭到试刀杀人的武士袭击，一瞬间桂便倒卧在血泊之中…这名武士的行为使得町内居民人心惶惶。过没多久，伊丽莎白至万事通拜访，与新八、神乐、定春一同搜寻桂的下落。另一方面银时则是去接受村田铁矢、铁子兄妹的委托，要求寻找失踪的妖刀－红樱。看似同时发生却没关系的两件事情，最后却慢慢的整合起来，并发现了预料外的人物之阴谋正在进行中…