在《数码宝贝》冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了高石武和八神嘉儿外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码宝贝伙伴。某日，一位自称暴龙改造者的少年突然出现攻击数码宝贝，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码宝贝们，妄图占领数码宝贝世界。在他的处处逼迫之下，数码宝贝迫于无奈展开战斗。