学院都市制造的宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）即将完工之际，上条当麻和茵蒂克丝偶然结识了名为鸣护亚理纱的无能力者少女。因为共同拥有旺盛的食欲，茵蒂克丝与亚理纱情投意合。某天放学后，三人正享受快乐的时光，突然之间史提尔率领魔法师向他们袭来，而亚理纱正是他们袭击的目标。为何科学侧的亚理纱会遭到魔法侧群体的袭击？与此同时，学院都市女领导带领秩序维持部队赶到，与魔法侧展开新一轮的较量…