在丢下一番雄心壮志的口号和一座凌乱不堪的城堡后，迷糊博士便把将这里打造成“全宇宙最受欢迎的恐龙博物馆”的使命安排在猪猪侠和菲菲身上。为了完成使命，星际特工猪猪侠开始一次次地穿过传送门，来到恐龙时代，在奇妙的冒险旅途中收集到各种恐龙的资料，并将它带回博物馆。