故事将舞台设在了2030年代的近未来，集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。某天，成员花崎健介遇到了神秘少年小林芳雄。由于一场意外变成“不死之身”的小林拒绝与他人接触，而花崎却邀请他加入少年侦探团。小林与花崎的相遇，终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，并推动两人的命运……