承袭第一季《蓝巨星和绿豆鲨》的故事脉络，第二季《蓝巨星和绿豆鲨之国学课堂》的故事依然发生在珊瑚村和沉船谷之间。在这新的一季中，珊瑚村的长者龟博士因个人原因，离开了珊瑚村，顶替他的是企鹅八古。八古号称上知天文下知地理，对古今中外无所不知无所不晓，尤其精通国学。因此，他在珊瑚村开设国学课堂，教蓝巨星等小朋友们学习国学知识，练习国术。