前任院长蛭间重胜（西田敏行饰）被赶走一年后，东帝大学医院诞生了第一位女性院长，她提出“患者优先”的口号，开始进行大刀阔斧的开革，清除医局的腐败。但是盘踞在医院的当权者们为了夺回自己的利益，复兴以绝对权力和森严等级统驭的“黑色巨塔”，开始暗中活动。左迁至东帝大学医院知床分院的蛭间重胜也蠢蠢欲动。天才的外科医生大门未知子（米仓凉子饰）与被污染的医疗组织展开正面对决。
未知子病倒
从未失败过、一直致力于挽救患者生命的未知子自己病倒了。晶叔和博美都非常担心她。这时，医疗界的领袖、“日本医师协会”会长内神田景信得了食道癌，准备在东帝大做手术。内神田的病情极重，除了未知子以外无人能成…
内神田景信暗地活动 准备将未知子清除出医学界
城之内博美的女儿在芭蕾舞教室的同学九重遥与祖父九重节郎一起来到东帝大学医院。芭蕾舞选拔赛举行在即，但是小遥的脚痛得受不了，所以来医院检查。幸好，检查结果表明她得的是不太严重的炎症。然而，未知子暗示小遥…
