2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
泷川空从牢狱中把PHANTOM黑暗天使解放出来，后来他随着自己的欲望开始袭击人类……另一方面贤者在泷川空的面前出现，一直以来，他为了知道一切，不论是同伴和敌人也玩弄，今次他总算达成愿望……但贤者可会认同他以…
因为腰带被偷走，所以不能吃PHANTOM的魔力，仁藤陷入极大的危机，但仁藤依然拒绝从晴人身上吸取魔力维持生命。另一方面凛子向中本先生调查发掘文物被盗的事时，发觉中本先生有可疑的地方，难道……
