故事是以原作为基础的原创剧情。在男子学校－藤森学园有个公开的“公主”制度，就是让外表长的漂亮的学生打扮成女孩子的样子，以给校园生活增添情趣。以被选作为“公主”的丰实琴、四方谷裕史郎、河野亨的3人为首，由有个性的成员展现的每一天在某一天发生了变化。转校生花园音也设立了新的学生会，并率领对抗公主的“黑公主”，向原来的公主发起了挑战。在这里，学生会和新学生会，公主和黑公主的美丽又激烈的战争就此开始……
对潜伏在地下的裕史郎、亨已经再次返回公主阵营的实琴来说，终于到了和黑公主决一胜负的时刻了。黑公主们也意识到自己是无法战胜公主的。而且他们也都知道了音也和有定会长之间的关系。但他们还是坚持要跟随音也到底…
由于九条院的背叛而在选举中败北的旧学生会，以及旧学生会的支持者遭到了新学生会的肃清。九条院实行的是严格的铁血制度。只要支持公主和旧学生会的人都会受到反公主派的严厉打击。选举后两周，九条院和黑公主入主学…
