富士山麓の演習地に向かう途中の伊庭明義（反町隆史）、嶋村卓也（渡部篤郎）両2等陸尉率いる陸上自衛隊の2小隊26名が、突然、400年前の琵琶湖畔にタイムスリップした。異変に気付いた伊庭らは、直ちに偵察を行って情報を収集。自分たちが徳川家康（津川雅彦）と石田三成（竹中直人）の両軍が激突する関が原の戦いの直前の時代におり、しかも戦場のごく近い場所にいると知った。強力な武力を持つ部隊の出現に気付いた家康は、伊庭らの前に姿を見せ、加勢するよう求める。そんな中、伊庭らは、爽やかな笑顔の若武者・小早川秀秋（藤原竜也）と出会い仲良くなった。史実によると、1万7千の精鋭部隊を持つ小早川は、関が原の戦いのカギを握った人物で、秀吉の正室・高台院〈ねね〉（古手川祐子）の甥。やがて、家康の老獪な戦術に翻弄された伊庭らは、次第に戦いに巻き込まれて行き―。
